JR東日本
JRで最後まで定期運用を持っていた101系は中原電車区に所属していたグループで、ワンマン運転対応・塗装変更・AU712による冷房化改造を受けた編成が南武線浜川崎支線で使用されていた。
本グループは山手電車区から転属した205系（転属に伴う先頭車化及びワンマン運転対応改造を受けた1000番台）への置き換えにより、2003年に運用を終了した。
横ナハ浜3編成（クモハ101-130+クモハ100-172）はJRで最後まで残った101系で、 クモハ101-130 は1962年に池袋電車区（山手線）、 クモハ100-172 は1963年に下十条電車区（京浜東北線）に導入された。その後数回の転属を経て、最終的に津田沼電車区（ 中央・総武緩行線 ）から中原電車区（南武線）へ転属した編成である。
秩父鉄道
日本国内最後の101系は秩父鉄道に「1000系」として所属していたもので、国鉄末期～JR初期にかけて国鉄及びJR東日本から譲渡されたグループである。
いずれも秩父鉄道での運用開始後にワンマン運転対応、両先頭車の冷房化、クモハ100形に対するパンタグラフ増設などの改造を受け、2014年まで運用された。
基本的に秩父鉄道塗装となっていたが、晩年は国鉄色や秩父鉄道の旧塗装へ復刻された編成もあった。
秩父鉄道1005編成（クモハ100-166+モハ101-222+クハ101-64）は1965年に国鉄津田沼電車区（中央・総武緩行線）に導入され、 1986年に国鉄から譲渡された編成である。この編成は国鉄色へ復刻されず、2011年の運用終了まで秩父鉄道色を維持していた。
秩父鉄道1012編成（クハ101-82+モハ101-263+クモハ100-192）は1965年に国鉄津田沼電車区（中央・総武緩行線）に導入された編成である。国鉄分割民営化後に中原電車区（南武線）へ転属後、1989年に秩父鉄道へ譲渡された。
晩年は、同編成が新製当時に纏っていたカナリアイエローの塗装へ復刻され、2010年に運用を終了した。
